San Giovanni Rotondo conta circa 28.000 abitanti ed è famoso nel mondo per ospitare le spoglie di San Pio da Pietrelcina, frate cappuccino vissuto a lungo in questa città, che ogni anno attirano sul Gargano milioni di pellegrini.

Il centro storico è zona quasi esclusivamente residenziale, con attività a carattere turistico di scarso rilievo, solo marginalmente interessato dal grande flusso turistico dovuto al culto di Padre Pio, che si consuma quasi esclusivamente intorno alla zona del Convento.

Passeggiando per le sue vie si incontrano la chiesa di San Giuseppe Artigiano, la Chiesa di San Nicola, caratterizzata da un prezioso portale in rame raffigurante alcuni momenti della vita di San Nicola, la Chiesa di Santa Caterina (la più antica del paese), la Chiesa Matrice di San Leonardo (la chiesa principale di San Giovanni Rotondo, che sul portale d'ingresso presenta una preziosa statua di San Michele Arcangelo), la chiesa di Sant'Orsola (assai ricca di storia e da poco restaurata), la Chiesa della Madonna di Loreto (che riproduce le dimensioni reali del sacro luogo natio del Signore a Betlemme), la Chiesa di Sant'Onofrio ed infine l'antica Chiesa di San Giovanni Battista del III-II secolo a.C. Alle chiese, per il loro innegabile interesse storico, vanno aggiunti i reperti archeologici dell'antico Borgo Sant'Egidio e di La Curvara.

Il complesso conventuale di Santa Maria delle Grazie, noto ormai in tutto il mondo per San Pio da Pietrelcina, e formato dal convento dei cappuccini, da una chiesa antica ed una chiesa nuova entrambe dedicate a Santa Maria delle Grazie.

Nel piano sottostante della chiesa nuova è situata la cripta dove riposa il corpo di San Pio da Pietrelcina, sotto un monolito di 30 quintali. Nella notte tra il 2 e il 3 marzo 2008 è stata riaperta la bara che conteneva il corpo di San Pio, per poi essere esposto, in una teca di cristallo, alla venerazione dei fedeli il 24 aprile 2008 fino al 23 settembre 2009.

La chiesa di Padre Pio, anche conosciuta come santuario di san Pio, fu commissionata dall'ordine dei frati minori cappuccini e venne progettata dall'architetto Renzo Piano. L'opera è stata quasi completamente finanziata dalle offerte dei pellegrini.

L'interno misura 6000 m² ed è in grado di contenere 7000 persone, risultando una delle chiese con la maggior superficie in Italia.

La chiesa è stata inaugurata dinanzi a oltre trentamila persone il 1º luglio 2004, consacrata da Mons. Domenico Umberto D'Ambrosio, dopo circa dieci anni di lavori.

La costruzione ha raccolto critiche, in quanto realizzata con stile contemporaneo e diversa dalle forme più canoniche di chiesa nell'immaginario collettivo (pianta a croce, o rettangolare, divisione in navate, decorazione interna)

La tradizione religiosa di San Giovanni Rotondo si coglie anche in alcune delle feste e dei riti cittadini, come la vestizione delle Madonne, che ha luogo nelle vie del centro storico la sera del 15 agosto.

Altra festa importante è quella di Santa Maria delle Grazie che ricorre nei giorni 8-9-10 settembre. Per questa occasione il quadro, di pregiata fattura, della Madonna delle Grazie sito presso l'omonimo Convento dei frati Cappuccini, dove è vissuto Padre Pio, viene portato in paese presso la Chiesa Matrice il 31 agosto e vi rimane fino al 10 settembre.

Importante è altresì la veglia di preghiera in onore di San Pio da Pietrelcina che si tiene nella notte tra il 22 e il 23 settembre, durante la quale si fa memoria della morte del santo stimmatizzato. Questo evento vede confluire presso il sagrato della nuova chiesa migliaia di pellegrini.